Dansk Jødisk Museum blev indviet den 8. juni 2004 i nærværelse af Dronning Margrethe, forhenværende kulturminister Brian Mikkelsen, forhenværende kultur- og fritidsborgmester Martin Geertsen, Københavns Kommune, museets bestyrelse, Daniel og Ninna Libeskind, Studio Daniel Libeskind, repræsentanter fra de støttende fonde og andre, der havde båret museet fremad. 

Museet fik flotte anmelderser både i national og international presse og kunne begynde tilværelsen som et egentligt museum med åbningstimer, personale, forskning, samlingsarbejde og fundraising til museets drift.

Åbningen af museet var kulminationen på mange års arbejde. Initiativet til museet udsprang fra en gruppe private personer, der på forskellig vis var involveret i en række udstillinger, der blev vist i København i 1984 i anledning af 300-års-jubilæet for Det Mosaiske Troessamfund. Flere af disse var engagerede i Selskabet for Dansk Jødisk Historie, der på det tidspunkt var den eneste organisatoriske ramme for arbejdet med dansk jødisk historie. Kunstforeningen Gammel Strand viste udstillingen Indenfor murene. Jødisk kunst og kultur i Danmark. På Københavns Rådhus blev der vist en udstilling om jødisk liv Du skal fortælle det til dine børn. Særudstillingen Kings and Citizens fejrede Troessamfundets jubilæum i USA. Af dette arbejde udsprang ideen til at få etableret et jødisk museum i København, så publikum havde en permanent mulighed for at møde jødisk kultur i Danmark.

Museet blev forankret i en erhvervsdrivende fond, der blev stiftet i 1985 med Hans Weinberger som museets første bestyrelsesformand. Museet har siden haft sin egen bestyrelse og været en selvstændig institution. Museet blev statsanerkendt fra 1. januar 2011, og den dansk jødiske kulturarv blev derved en del af Danmarks kulturarv. Museet forvalter denne særlige del af Danmarks kulturarv, er underlagt loven om museer i Danmark og har Kulturarvsstyrelsen som tilsynsførende myndighed.

Museet har siden den spæde start i 1985 modtaget støtte og hjælp fra et utal af personer og fonde. Herudover har Det Mosaiske Troessamfund givet en betydningsfuld donation til museets samling, der ved statsanerkendelsen 1. januar 2011 overgik til museets ejerskab. En del af denne donation kan ses i museets udstilling.

Siden åbningen har museet været besøgt af ca. 160.000 gæster, og museets hjemmeside har været besøgt af ½ mio. unikke brugere. I museets seneste publikumsundersøgelse var 43 % af museets besøgende turister fra 42 forskellige lande.

Arkitektur